БП 2.0
По одной организации в документе "отражение з/п в регламентированном учете" раздел 1 книги заполнен одной строкой, в расшифровке - разбивается на несколько.
По другой организации - и там и там строки разбиваются.
Где-то в настройках учетной политики различия, или в чем может быть причина?

ну может платили по разному. Вообще-то книга заполняется по оплате - кассовый метод. Если отражение задействовано, значит вы авансом заплатили, а потом уже начислили.