В отчете нужно видеть НачальныйОстаток, Приход, Расход. КонечныйОстаток НЕ нужен. Еще нужно предусмотреть режим формирования отчета без внутренних перемещений, вот из-за этого условия СКД и чудит.

ВЫБРАТЬ РАЗРЕШЕННЫЕ
   ТоварыНаСкладахОстаткиИОбороты.Регистратор КАК регистратор,
   ТоварыНаСкладахОстаткиИОбороты.ПериодСекунда КАК пер,
   ТоварыНаСкладахОстаткиИОбороты.Склад КАК склад,
   ТоварыНаСкладахОстаткиИОбороты.Номенклатура КАК номенклатура,
   СУММА(ТоварыНаСкладахОстаткиИОбороты.КоличествоНачальныйОстаток) КАК колНачОст,
   СУММА(ТоварыНаСкладахОстаткиИОбороты.КоличествоКонечныйОстаток) КАК колКонОст,
   СУММА(ТоварыНаСкладахОстаткиИОбороты.КоличествоОборот) КАК колОборот,
   СУММА(ТоварыНаСкладахОстаткиИОбороты.КоличествоПриход) КАК колПриход,
   СУММА(ТоварыНаСкладахОстаткиИОбороты.КоличествоРасход) КАК колРасход,
   "СОБСТВЕННОЕ" КАК вид
ИЗ
   РегистрНакопления.ТоварыНаСкладах.ОстаткиИОбороты(&НачалоПериода, &КонецПериода, Авто, , ) КАК ТоварыНаСкладахОстаткиИОбороты
ГДЕ
   (НЕ &БезПеремещений
           ИЛИ НЕ ТоварыНаСкладахОстаткиИОбороты.Регистратор ССЫЛКА Документ.ПеремещениеТоваров)

СГРУППИРОВАТЬ ПО
   ТоварыНаСкладахОстаткиИОбороты.Регистратор,
   ТоварыНаСкладахОстаткиИОбороты.ПериодСекунда,
   ТоварыНаСкладахОстаткиИОбороты.Склад,
   ТоварыНаСкладахОстаткиИОбороты.Номенклатура

Если из запроса выкинуть условие после ГДЕ, то НачальныйОстаток считается верно, если с условием - то совсем неверно.
Роли полям проставлены, в консоле запросов, все отлично, а вот в СКД не особо.
Когда-то на ИТС читал, что бывает из-за подобных условий остатки косячат в СКД, и решение типа помещайте условия в параметры ВТ, но с условием на вид дока таким образом не впихнуть.

(0)остатки отдельно, обороты отдельно

(1) Спасибо. Да путем разбиения на 2 запроса работает. Так и буду делать в подобных случаях теперь. Эдакая фича СКД :))

(2)это не фича СКД, просто отбор нужно делать в ВТ