Пример:
сотрудник принят на работу 10.08.2011 года,
оформляем отпуск с 02.07.2012 по 29.07.2012 (28 дней),
Рабочий Год в документе "Отпуска организация" рассчитывается с 10.08.2011 по 29.07.2012 (дата окончания отпуска), хотя должен вроде как с 10.08.2011 по 09.08.2012.
Поглядел в коде: программа делает это намеренно. Правильно ли это? Кто-нибудь в курсе?

Нигде не регламентирован расчет рабочего года для отпуска. Но, скорее всего, с 10.08.2011 по 29.07.2012 сотруднику полагается как раз 28 дней отпуска из-за хитрого правила про отработанные 11 месяцев.