Выгружию РС, в РС есть реквизит, тип Справочник.
Сам регистр сведений переносится нормально, но вот этот реквизит заполняется пустой ссылкой (справочник.сотрудники)..
Если отдельно справочник.сотрудники переносить, всё нормально переносится.
Где что в настройках нужно поправить, чтобы по при выгрузке РС по ссылке этот реквизит тоже выгружался нормально ?

поставь правило конвертации для этого Свойства.

Стоит

скрины в студию

http://s019.radikal.ru/i616/1206/97/15997384528e.jpg

А для ФизЛиц не стоит что-то типа новые не создавать? или физ.лица заведомо есть в базе?
Как поиск физ.лиц по правилу осуществляется?

а ПКО для физлиц где?

http://s52.radikal.ru/i135/1206/82/a8e95ba0149a.jpg

а ты точно при выгрузке используешь актуальные правила?

точно

файл смотрел? там поле заполненное выгружается?