Привыкла к бухгалтерии - там есть галка в плане счетов "Учет по подразделениям".
В УПП ничего похожего не нашла - как там решается задача учета подразделений на 44 и 91 счетах?
Когда в субконто нет в типовой конфигурации подразделений.

В УПП на 44 есть субконто подразделение. С другой стороны , необходимо задаться вопросом , а зачем Вам это субконто. Если для учета в разрезе подразделений, то всегда  можно построить отчет по данным соответствующих регистров в разрезе подразделений!

(1) Да, на 44 нашла (в демо базе почему то не было).
А что делать с 91?

(2) Для анализа в разрезе подразделений данных по 91 счету можно использовать регистр "Затрата"