Есть таблица значений с колонками "Номенклатура", "Характеристика"
Как в условии к регистру накопления "ОстатковНаСкладах.Остатки" сделать так чтобы отбор был только по тем "Номенклатуре и характеристикам", которые  из таблицы?

Например, если бы был МассивНоменклатуры, где указана просто Номенклатура можно было сделать так:

...
ИЗ РегистраНакопления.ОстаткиТоваровНаСлдах.Остатки(&НаДату,
                                    Номенклатура В    &МассивНоменклатуры)
...

А в случае когда номенклатура + характистика есть что нибудь подобное?

Создать менеджер временных таблиц к запросу и поместить ТЗ сначала во временные потом соединять с регистром.

таблицу во временную и левым соединением к ней твой регистр

так как обычно ХарактеристикиНоменклатуры подчинены Номенклатуре, то достаточно проверки на вхождение в ХарактеристикиНоменклатуры

+(3) кроме пустой характеристики

Ну ладно временные так временные...

а в менеджер временных таблиц запихнуть мою таблицу?

Запрос.Текст = Выбрать * Поместить ВременнаяТаблица из &ТвояТаблица как НужнаяТаблица

МВТ = Новый МенеджерВременныхТаблиц;
Запрос.МенеджерВременныхТаблиц = МВТ;
Это до выполнения запроса...