Регистрирую руками все документы установки цен в системе (в УТ).
При обмене с розницей в файле нет и следа об установке цен.
Отборы в настройке обмена стоят верно, дата с который выгружать тоже.
Что это может быть?

Я идиот. Тему можно закрывать.