Как в УТ11 отслеживать поступления по конкретным заказам от клиентов, контролировать их и использовать в резервах. На подобие тех которые были в УТ10?

ни как, пару месяцев назад тоже искал ответ на этот вопрос . На данный момент связки нет никакой.

в итоге пришлось самому выкручиватся

(2) Допиливанием типовой?

Лично я сам недавно занимался доработкой УТ11 именно по этой теме. Другого выхода не вижу

(2)да, иначе никак