Можно ли каким то образом ALS-файлы расположить в подкаталоге BIN, например "bin\als\", чтобы они при этом обрабатывались конфигуратором во время показа помощи?

нельзя. зачем?

Чтобы в bin были лишь родные файлы 1С, все ВК и ALS хранить отдельно. С ВК все понятно, а вот als нельзя указать другое место.

(2) паранойя, имхо

simlink

(3) Разные версии 1С, openconf и ОС, в этом вся проблема.
(4) Уточните пожалуйста.