Рассмотрим сферического коня в вакууме.
Есть ЗиУП 2.5.53.1
Есть сменный график работы (всего 4 дня в месяц) http://savepic.net/3149161.htm  
4 июня - с 22.00 по 6.00
5 июня - с 14.00 по 22.00
6 июня - с 6.00  по 14.00
7 июня - с 18.00 по 2.00
Вот Т-13 http://savepic.net/3205480.htm (пока все красиво)
Теперь делаем документ Невыходы в организации. Делаем внутрисменный прогул по 1 часу на каждый из рабочих дней. http://savepic.net/3197288.htm
И получаем Т-13 http://savepic.net/3201384.htm Три дня показаны нормально, а 7-го июня в табеле 7/1/1/3 - снялся час и с вечерних и с ночных. А в расчетке этот час снялся правильно, но с дневных часов.
Время стандартное:
День - с 6.00
Вечер - с 20.00
Ночь - с 22.00
Как указать, что сотрудник прогулял ночной час, а не дневной?

Как в невыходе организации указать, что сотрудник прогулял ночной час, а не дневной?

Никак

вот блин..

Переработку ночную можно указать, а недоработку нельзя. Несрастушечка.