У меня такое подозрение что можно включить галочку "Корректировка расчета НДФЛ" в документе начисления з.п. и там руками поправить, но.. не понятна пока исходная ситуация?
(5) Сели купил квартиру - введите вычет у сотрудника в имущественные вычеты, заполните там необходимые данные и при след начислении з.п. посмотрите что делает программа...
Вернуть кстати, то же можно. для этого надо заглянуть в
Зарплата->Учет НДФЛ и налогов (взносов с ФОТ)->Возврат НДФЛ
(Кстати чуть ниже документ "Подтверждение права на имущественный вычет" , а чуть выше "Перерасчет НДФЛ")
Основная теорема систематики: Новые системы плодят новые проблемы.