В КД для документов ставлю галочку - Не замещать существующие объекты.
Поиск ставлю по УИ, а потом по Дате и Номеру. Но документы все равно замещаются, причем с разной датой, но одинаковым номером

В регистре УИ уже запомнился, и хоть что теперь меняй - все равно соответствие документов уже есть. Регистр соответствия почисть ,если хочешь по дате и номеру.

(1) Но как же не замещать сущ. объекты, почему он игнорирует эту галочку?

(0) У меня такая же фигня была :-( , так и не победил, хотя, сказать честно, поленился лезть на уровень кода, возможно достаточно было подправить код у загрузки...

(0) Так же замечал такую же беду. Сегодня вышло обновление КД, возможно там и обработки обновились где полечили это.

(4) Сейчас пытаюсь понять в отладчике, пока не ясно

А вот поиск по номеру внутри года пришлось писать самому, этот глюк победил, хотя, вариант оказался не сильно красивый, но, по крайней мере, заработал, т.е. стал сопоставлять однономерные документы стоящие на разных датах не задваивая их...

Если ОбъектНайден Тогда
Отказ = Истина;
КонецЕсли

(6) Для поиска по  точной дате сделали в ПКС галку "Поиск по дате на равенство". Или можно было дабавить поиск по еще одному реквизиту, например "Организация". Тогда поиск выполняется запросом, а не через НайтиПоНомеру.

(0) Какая версия обработки обмена? такая ошибка была, но ее исправляли.

(9) 2.0.23

(10) Есть там вроде зарегистрированная ошибка. почем 2.1 не используем?

(11) Попробую, спасибо!

"Ошибка зарегистрирована под номером
10025885 и будет исправлена в КД 2.0.29 "

я ошибку находил в 2.0.26
http://partners.v8.1c.ru/forum/thread.jsp?id=692657#692657
Вот ветка в партнерской