Ситуация такая: в бухгалтерии 2.0
При создании обычного счета фактуры документу присваивается Префикс + Номер
При создании счета фактуры на аванс документу присваивается "А" + Префикс + Номер

В бухгалтерии государственного учреждения (БГУ) такого нету, там при любом раскладе нумеруется префикс + номер
Потребовалось дописание чтобы в БГУ при создании счета фактуры номеру документа при условии что КодВидаОперации = "02" присваивался А + Префикс + номер

В модуле ОбщегоНазначения я дописал процедуру

Процедура ДобавитьПрефиксОрганизации(ДокументОбъект, Префикс) Экспорт
   
   // Если  нет реквизита "Организация" или для нее не задан префикс, то
   // используем пустой префикс,
   // иначе используем префикс организации.
   МетаданныеДокумента = ДокументОбъект.Метаданные();

   Если Не ЕстьРеквизитДокумента("Учреждение", МетаданныеДокумента) Тогда
        //ИЛИ НЕ ЗначениеЗаполнено(ДокументОбъект.Учреждение.Префикс)  Тогда
       //Префикс = "0";
       Префикс = "";
   ИначеЕсли ДокументОбъект.Метаданные().Имя = "НДС_СчетФактураВыданный" И ДокументОбъект.КодВидаОперации = "02" Тогда
       Префикс = "А" + ДокументОбъект.Учреждение.Префикс;
   ИначеЕсли ДокументОбъект.Метаданные().Имя = "НДС_СчетФактураПолученный" И ДокументОбъект.КодВидаОперации = "02" Тогда
       Префикс = "А" + ДокументОбъект.Учреждение.Префикс;                        
       Иначе
       Префикс = ДокументОбъект.Учреждение.Префикс;
               
   КонецЕсли;
Конецпроцедуры

Все работает правильно если в справочнике "учреждения" есть префикс но если префикс не заполнен то он мой префикс (это буква "А") воспринимает как номер и следующий документ уже не учитывая условия.