Делаю перенос с "казенного" на "бюджетное", КФО меняется с 4 на 1, 2 остается. В балансе ГРБС  основные средства бюджетные (по 4 КФО) не отражаются, внебюджетные (по 2 КФО) в балансе видны. ГБ требует чтобы в балансе основных средств вообще не было на момент перехода.

Что это за фича, стандартная обработка вроде такое не умеет. Может ей (ГБ) надо чтобы ОС были списаны со 101 на 304.06 но не оприходованы обратно с новым КПС?  И как это сделать?

Смотри функцию ПолучитьЛокальнуюПеременную() в модуле документа

сори, не туда