Столкнулся с тем что за время работы накопилось около 1500 записей помеченных на удаление. При удалении их  безвозвратно, при "контроле" на некоторые записи имеются ссылки, они помечены красными галочками снять в ручную которые нельзя, так будут ли удалены эти записи?

если ссылки есть - нет

(0) зачем удалять то, на что ссылки есть?

Есть ссылки на элементы помеченные на удаление (документы, элементы справочников)

(3) ну значит у тех в свою очедедь тоже есть ссылки. Сначала их удалите.