Господа. Объясните в двух словах как можно обновлять типовыми релизами сильно доработанную конфигурацию? Я так понимаю, только вручную? Каким-то образом отличать свои изменения от типовых и снимать галочки при объединении? Или я чего-то не знаю?

да, многого не знаешь. http://infostart.ru/public/18562/ читай до просветления.

(0) Сверка основной конфигурации с конфигурацией поставщика - выявление изменений собственных.

(1) Спасибо!!!