В базе данных будут работать пользователи с разных городов. Нужно чтобы каждый видел только информацию по своему городу. Как лучше сделать: Добавить справочник НаселенныеПункты и указать его в качестве владельца всех справочников к которым необходимо ограничить доступ, и далее использовать отбор по владельцу, или указать его (спр. НаселенныеПункты) в качестве реквизита, и использовать отбор по реквизиту? Или лучше в ролях настроить шаблоны ограничений?

1) какая конфа?
2) что мешает использовать подразделения или организации?

(1) конфа самописная. подразделений и организаций нет.

Лучше в ролях настроить.

в любом случае рлс лучше отбора, так как отбор можно снять

что значит информация по своему городу?...чем пользователи будут заниматсья в базе?