Работаю с базой БП 2.0, обращаю внимание главбуха, что:
- при списании товара неправильно указаны номера ГТД, выдает сообщение об ошибке
- отрицательные остатки по счету ГТД
- в общем счет ГТД не коррелирует с 41 счетом

Мой аргумент: "По какому ГТД купили, по тому и надо продавать". На что главбух парирует: "Ну и что? Счет ГТД забалансовый, мне пофигу".
Собственно, задавался вопросом: какие требования по ведению в бух. учете ГТД и что будет за несоблюдение этих требований?

(0) года два-три назад главный бухгалтер заявляла, что указание номеров ГТД не по порядку (FIFO) карается 3000 рублей за документ.

ну пусть не указывает ГТД, если его нет. Зачем обязательно указывать?
А вообще по товарам с ГТД ведется учет по ФИФО, а что за это будет хз.

в БП нет механизма автоматического учета ГТД так, как вы бы хотели (по партиям, видимо).

(1) Требования по учету ГТД именно в РСБУ (если мне не изменяет память) не описаны до такой детализации. Вопрос к вам, встречный, как налоговый инспектор сможет это проверить, если учет мпз при выбытии - по среднему? На основании каких данных по БАЗЕ? :)

(3) предлагаю не путать, выбытие мпз (а конкретнее учет себестоимости выбывающих мпз) и учет ГТД. Что там в правилах ведения бухучета я не знаю, потому и не привожу конкретных пунктов.
Но в плане сообщения в (0) предположу, что раз там отрицательные остатки, стало быть какую-то ГТД списали два раза, а какую-то ни одного. Как это может проверить налоговая - не знаю, особенно, в свете, например, крупнооптовой торговли мелочью какой-нибудь, которую в месяц десятками тысяч отгружают

(4) да я ничего не путаю :) Просто тема для меня "родная", так сказать.

Гл.бух из (0) по сути прав, за одним исключением - ГТД, должен быть из счет-фактуры полученного. Налоговый инспектор, при проверке счет-фактуры по таможенной базе может проверить, присутствует ли указанный номер в ней или нет. Но даже (!!!) отсутствие этого номера, в случае если покупатель - не импортер,  не несет ответственности за неправильное указание номера ГТД в полученных счетах-фактурах, т.к. продавец импортного товара отвечает лишь за соответствие номера ГТД в выставленных им счетах-фактурах номеру ГТД, указанному в счетах-фактурах, полученных им от поставщиков. Это первый момент.

Второй момент дополняет первый: сам номер ГТД, для налоговой, не информативен, т.к. без него она сама идентифицирует продавца/покупателя/товар/ставку ндс. Поэтому, в случае в сч.-ф. указана неполная информация о номере таможенной декларации, то это также не может являться основанием отказа в принятии к вычету сумм НДС.

Таким образом, что даже если в БП есть красные сальдо по ГТД, то это совсем не означает, что счет-фактуру нельзя принять к вычету. Это означает только то, что есть какие-то разрывы в учете по ГТД. И если, учет мпз при выбытии - не ФИФО по БП, то налоговый инспектор вам никак не докажет конкретно какие номера должны быть в ваших счетах-фактурах. А то, что у вас отрицательные сальдо по забалансовому счету с тремя буквами в наименовании - это означает только то, что у вас отрицательные сальдо по забалансовому счету с тремя буквами в наименовании :)

Я с радостью выслушаю другую точку зрения, с которой вы сталкнулись на практике :)