Все выданные СФ после 01.07.2012 ложатся в регистр сведений "Журнал учета счет-фактур" датой "01.07.2012". То есть если Дата СФ 02.07, то в журнале она 01.07.
В отчет "Книга покупок" СФ не попадают.
Дата актуальности учета стоит 31.12.2012

Что то мне подсказывает что это какая то настройка которая не хочет учитывать СФ после 01.07.

и какой лось поставил ДатуАктуальностиУчета?

х.з. стояла.
(1)Бухгалтерия предприятия, редакция 2.0 (2.0.38.6)

Процедура ЗарегистрироватьВЖурналеУчетаСчетовФактур(СтруктураШапкиДокумента, Объект, СуммаДокументаДляРегистрацииВЖурнале = 0, НДСДокументаДляРегистрацииВЖурнале = 0, Отказ, Заголовок) Экспорт
   
   Если УчетНДС.ПолучитьВерсиюПостановления(СтруктураШапкиДокумента.Дата) = 1 Тогда
       Возврат;
   КонецЕсли;
       
   ДвиженияЖурналУчетаСчетовФактур = Объект.Движения.ЖурналУчетаСчетовФактур;
   
   СтрокаДвижения = ДвиженияЖурналУчетаСчетовФактур.Добавить();
   
   СтрокаДвижения.Период          = СтруктураШапкиДокумента.Дата;

Проблема в последней строчке, смотрю отладчиком при создании строки
СтрокаДвижения = ДвиженияЖурналУчетаСчетовФактур.Добавить();
сразу же заполняется СтрокаДвижения.Период = "01.07.2012"
а эта строка не отрабатывает:
СтрокаДвижения.Период          = СтруктураШапкиДокумента.Дата;
после прохождения отладчиком дата не меняется
СтруктураШапкиДокумента.Дата = "02.07.2012"

(3) Не много не так,
дата 01.07.2012 записывается  этой строкой

СтрокаДвижения.Период          = СтруктураШапкиДокумента.Дата;

Но СтруктураШапкиДокумента.Дата= "02.07.2012"

Дорогой друг, может ты таки глянешь на периодичность означенного регистра сведений и перестанешь искать проблему, где ее нет?

(5) вот спасибо тебе добрый человек, как хорошо с похмелья получить дельный совет!

Теперь и не знаю где еще поискать проблему

Все дело было в дате, была не заполнена