Архитектурно это правильно?

Жить будет. Но не желательно без крайней на то необходимости.

хз. не могу придумать задачу, которая потребовала бы такую архитектуру

(0) мсье знает толк в извращениях

Не могу себе представить ответ на "зачем".
Из минусов - при снятии документа с проведения, при его пометке на удаление, при его физическом удалении - все придется отслеживать кодом, и как-то перепрописывать в справочнике.
Оно того стоит?
РС - лучше, да

.

Некоторые хлопоты возможны лишь в том случае, если понадобится удалять документы (например, для сокращения базы). Поэтому следует исходить из того, насколько высока вероятность дальнейшего удаления документов. Если она всё же есть, тогда можно сделать не прямую агрегатную ссылку, а хранить в справочнике номера документов.

Вообще, есть ситуации, где без ссылки из справочника на документы либо вообще не обойтись, либо это гораздо менее удобно. В ТиС в справочнике партий была ссылка на приходный документ. Я, помнится, (в 7.7) делала ссылки на документы у справочника технологических операций в одной PDM-системе.
Но в V8 возможности пошире, так что если есть достойные альтернативы, то лучше рассмотреть их.

(48) есть документы без проведения. Например Инвентаризация НЗП в БП