Когда вручную, через форму регистрации изменений удаляешь регистрацию с документа, я как понимаю регистрация движений его не удаляется?
Как сделать чтобы при отмене регистрации документа его движения тоже не выгружались ?

up

ПланыОбменаМенеджер (ExchangePlansManager)
УдалитьРегистрациюИзменений (DeleteChangeRecords)
Синтаксис:

УдалитьРегистрациюИзменений(<Узлы>, <Данные>)
Параметры:

<Узлы> (обязательный)

Тип: ПланОбменаСсылка.<Имя плана обмена>; Массив.
Одиночное значение типа ПланОбменаСсылка.<Имя плана обмена> или массив таких значений, показывающие для каких узлов удаляются записи регистрации изменений.
<Данные> (необязательный)

Тип: Метаданные, Неопределено; УдалениеОбъекта; Число; <Данные>.
Значением данного параметра может быть объект метаданных, объект, представляющий данные, хранимые в базе данных, такой как документ, элемент справочника, счет бухгалтерского учета, менеджер записи константы, набор записей регистра и т. п., ссылка на объект базы данных, а также Неопределено.
Если указан объект метаданных, то записи регистрации изменений будут удалены для всех элементов данных, относящихся к указанному объекту метаданных. Объект метаданных должен входить в состав планов обмена всех узлов, указанных в первом параметре.
Если указан УдалениеОбъекта, то удаление записи регистрации изменений выполняется для объекта базы данных, на который "указывает" ссылка, содержащаяся в объекте УдалениеОбъекта.
Если указан объект представляющий данные, хранимые в базе данных, или ссылка, то записи регистрации изменений будут удалены только для указанных данных. Объект метаданных, соответствующий данным должен входить в состав всех планов обмена всех узлов, указанных в первом параметре.
Если указано Неопределено или не указан, то в качестве первого параметра может быть указан только одиночный узел. И в этом случае записи регистрации изменений будут удалены для всех объектов, метаданные которых входят в состав плана обмена, к которому относится узел, указанный в качестве первого параметра.
Если в качестве первого параметра указан одиночный узел, то в параметре может быть указан номер сообщения. В этом случае метод УдалитьРегистрациюИзменений удаляет из всех таблиц регистрации изменений все записи относящиеся к указанному узлу, у которых номер сообщения меньше или равен значению второго параметра.
Значение по умолчанию: Неопределено
Описание:

Удаляет записи регистрации изменений одного или группы элементов данных для одного или нескольких узлов планов обмена.

Доступность:

Сервер, толстый клиент, внешнее соединение.
Пример:

// Пример 1
Спр = Справочники.Валюты.НайтиПоКоду("810");
Узел = ПланыОбмена.ПО1.НайтиПоКоду("Офис");
ПланыОбмена.УдалитьРегистрациюИзменений(Узел, Спр);

// Пример 2
// Загрузка из файла
// Производим попытку открытия файла
ЧтениеXML = Новый ЧтениеXML;
Попытка
   ЧтениеXML.ОткрытьФайл(ИмяФайла);
Исключение
   Возврат;
КонецПопытки;
ЧтениеСообщения = ПланыОбмена.СоздатьЧтениеСообщения();
ЧтениеСообщения.НачатьЧтение(ЧтениеXML);
Если ЧтениеСообщения.Отправитель <> Ссылка Тогда
   // Сообщение предназначено не для этого узла
   ВызватьИсключение "Неверный узел";
КонецЕсли;
// Удаляем регистрацию изменений для узла отправителя сообщения
ПланыОбмена.УдалитьРегистрациюИзменений(ЧтениеСообщения.Отправитель, ЧтениеСообщения.НомерПринятого);

это да,
но если таким образом удалить регистрацию документа,
то всё-равно регистрация движений которые он сделал остается..

Удалить регистрацию набора записей регистров накопления.

скачайте себе продвинутый аналог регистрации изменений - их много.