что-то не пойму, как это работает...

в правилах обмена стоит вызов проведения документа после загрузки
сейчас в настройке обмена стоит галочка "Выполнять отложеные движения", и при нажатие на кнопку он довольно долго начинает перепроводить документы за весь период обмена.

Хочется сделать что-бы фактическое перепроведение выполнялось один раз после загрузки всего пакета обмена.

Оно еще ни разу не закончилось?

(1) в том-то и дело, что заканчивается, но потом заново, пока документов мало (менее 100 000, но время обмена все равно меня не устраивает)

посмотри РС "Отложенные движения документов". Что там? Скорее всего, есть ошибки при проведении.

+(3) По сути, он должен быть пустой после обмена.

(3) спасибо! так и есть :)