Минуя внешние файлы, непосредственно из хранилища, есть возможность в пакетном режиме?

Нет.

/ConfigurationRepositoryUpdateCfg [-v <номер версии хранилища>] [-revised] — обновить конфигурацию хранилища из хранилища (пакетный режим запуска).

разве не то?

(1) а почему?
(2) "обновить конфигурацию хранилища из хранилища" - это как?

(3) не знаю, меня эта фраза тоже смутила, но вот описание параметров [-force — если при пакетном обновлении конфигурации из хранилища должны быть получены новые объекты конфигурации или удалиться существующие, указание этого параметра свидетельствует о подтверждении пользователем описанных выше операций. ] вроде как свидетельствует об обновлении именно конфигурации из хранилища, а потом уже можно и запустить отдельной командой обновление конфигурации базы данных.

Но у меня снегопат и там все значительно проще, так что тебе и проверять на практике.

Нормально в пакетном режиме обновляется конфигурация их хранилища. Единственная засада - предупреждение о "местрасположение информационной базы изменилось" в пакетном режиме не отрабатывается.

(5) ну и как?

Что как? Работает? - отлично. Уже года 2 забыли про обновление руками.

(7) я тебя прошу написать как сделать ЭТО

Как то так (участок , ответственный за формирование в батнике строки на подключение к хранилищу):

   Если ОперацияОбновленияКонфигурации = Перечисления.ДействиеСКонфигурацией.ОбновлениеКонфигурацииИБИзХранилища Тогда
       
       ТекстФайла = ТекстФайла + " /ConfigurationRepositoryF" + ОбщегоНазначения.Скобки(Настройки.КаталогХранилище);
       ТекстФайла = ТекстФайла + " /ConfigurationRepositoryN" + ОбщегоНазначения.Скобки(Настройки.ЛогинХранилище);
       
       Если ЗначениеЗаполнено(Настройки.ПарольХранилище) Тогда
           
           ТекстФайла = ТекстФайла + " /ConfigurationRepositoryP" + ОбщегоНазначения.Скобки(Настройки.ПарольХранилище);
           
       КонецЕсли;
       
       ТекстФайла = ТекстФайла + " /ConfigurationRepositoryUpdateCfg -force";
       
   КонецЕсли;

(9) спасибо