Вот мне привиделось, что основной договор контрагента должен быть не просто у контрагента, а в разрезе организаций.
То есть для каждой пары (Контрагент, Организация) свой основной договор.
Как считаете, здравая идея?

Это вообще должен быть регистр сведений.
Т.к. даже если контрагент работает с одной организацией в разные периоды времени это разные договоры.