Предстоит перевести компанию с 7.7 на 8.2.

В основе будет БП. Плюс немало функционала в виде внешних -отчетов, обработок (собственно, на доп.свойствах и внешних приблудах будет дописан отраслевой функционал).

Под какую БП писать, под 3 или 2 (не в курсе, когда 2ю отменяют и насколько можно будет работать в 3ей в 2013) ?

Однозначно -