Подскажите, как можно быстрее всего получить список сотрудников по которым есть ненулевое сальдо по взаиморасчетам?

имхо запросом

А поподробнее...

К журналу расчетов "Зарплата" по виду расчета "НачальноеСальдоЗадолженность"?

Расчетной ведомостью

Взял вот такой кусок запроса из расчетной ведомости:

|Период с ДатаПериодаЗадолженностиС по ДатаПериодаЗадолженностиПо;
   |Сотрудник        = ЖурналРасчетов.Зарплата.Объект.ОсновнойЭлемент;
   |Функция Долг    = Сумма(Результат)    когда ((Расчет=ВидРасчета.Возврат)или(Расчет=ВидРасчета.НачальноеСальдоЗадолженность)или(Расчет=ВидРасчета.НачальноеСальдоОкругления)или(Расчет=ВидРасчета.НачальноеСальдоПереплатаНДФЛ));";

А какие мне надо ставить даты если я хочу на дату получить долг за все время в том числе и по уволенным сотрудникам?

Я так понимаю мне надо получить самые последние записи для каждого сотрудника по этим видам расчета

Но если человек уволился год назад и поставлю период год, я то по работающим суммы будут суммироваться по всем месяцам, как быть?

Начинай по-новой. 1. Сформулируй более точно, что хочешь получить.
2. Нарисуй ожидаемую табличку на бумажке. Что получить и из каких таблиц. 3. А вот теперь можно и про запросы разговаривать.