Как можно избавиться от отрицательных остатков корректно, потому что при этом сканером не считывается штрихкод да и вообще учет искажается?

Устранить расхождение между базой и реальностью.

какой критеррий корректности ?

Чтобы сданные отчеты не "поплыли", то есть  возможно ошибки сделаны более 3 месяцев назад, да и вообще я не совсем понимаю, как это могло быть, может быть сначала израсходовали, а потом поправили приход.

По идее это должно выправиться после инвентаризации, но говорят, что после нее еще хуже становится. Могло ли это быть после того, как я пыталась избавиться от двух одинаковых названий номенклатуры? я выбирала одну из номенклатур, во всех документах меняла ее на другую и проводила документ, а лишнюю номенклатуру удалила.

(4) это чего вдруг хуже станет?

2(4) на этот вопрос легко ответить.. Нужно взять базу ДО ваших действий, и сразу ПОСЛЕ.
построить отчет по номенклатуре и посмотреть не появились ли минуса...

До моих действий к сожалению нет архива, но говорят, что минусы были давно и их количество растет.

после инвентаризации дело можно выправить..
только проводить его не нужно в рабочее время, т.е, когда идет расход со склада..
магазин?

2(7) Чорд. это все меняет... Тогда вам нужно всего лишь найти человека, который скажет что минусов судя по всему и сейчас нет. И верить ему. остальных объявить лжецами. В принципе вы сами можете стать таким человеком.

А что еще можно сделать?

ну... вдруг оно само как-нибудь? это было бы лучше всего