Вообщем в конвертации надо сделать так чтобы при выгрузке реализации в табличной части товары искал номенклатуру по коду И если наименования разные то сообщал что мол вот в таком документе разные наименования номенклатуры. Галочку искать по внутреннему идентификатору снимаю.
в КД в справочниках жму на номенклатуру в обработчик события при выгрузке пишу:
"Если Источник.Наименование <> Приемник.Наименование Тогда
Сообщить ("та-да");
КонецЕсли"
Если Объект.Ссылка.Наименование <> Объект.Наименование Тогда
Сообщить ("У номенклатуры под кодом " + Строка(Объект.Код) + " разные наименования");
КонецЕсли;