Пытаюсь сделать отбор по нужной группе, но остаются другие группы. Можно это как-то обойти?

нет

да

Может быть

NULL или НЕОПРЕДЕЛЕННО

ИспользоватьСписокЭлементов().  и можешь показать хоть маму Кузьмы Благословенного Безботинного.

Посмотри в настройке самого спискаСправочника, если вовсе не нужны группы поставь там только элементы и все.

(5)Но тогда пропадут не только не нужные группы но и нужные?

(7) Начинается, то не надо группы то уже одни надо другие нет :)
А зачем видеть нужные группы?
Какой макс.уровень иерархии?
А может добавить сбоку где то дерево групп и пусть там перебирают, зато в списке следуя (6) групп не будет точно :)

Если УФ, то представление списком(не деревом и не иерархическим списком) и плевать на иерархию - ничего не исчезнет и ничего не влезет при условии Ссылка В Группе, а отступы и картинки вложенных в эту группу групп затусовать в УО