Собственно сабж.

Обновить регистрацию в правильных базах.

зарегить их для обмена и отправить в центр

А есть какие-нибудь обработки которые покажут различия и пометят измененные объекты для обмена? Ну или какие-нибудь похожие инструменты.

есть, но за деньги

вы все объекты пометьте. Зачем вам только измененные помечать?

(5) А как пометить все объекты?

Как то так?

   СсылкаНаУзел = ПланыОбмена.НаСклады.НайтиПоКоду("С1");
   
   ТекстЗапроса = "";
   Для каждого Вид Из Метаданные.Документы Цикл
       Если ТекстЗапроса<>"" Тогда
           ТекстЗапроса=ТекстЗапроса+"
           |ОБЪЕДИНИТЬ ВСЕ";
       КонецЕсли;
       ТекстЗапроса = ТекстЗапроса+"
       |ВЫБРАТЬ Ссылка
       |ИЗ Документ."+Вид.Имя;
   КонецЦикла;
   
   Запрос = Новый Запрос(ТекстЗапроса);
   
   Выборка = Запрос.Выполнить().Выбрать();
   Пока Выборка.Следующий() Цикл
       ПланыОбмена.ЗарегистрироватьИзменения(СсылкаНаУзел, Выборка.Ссылка);
       Сообщить(Выборка.Ссылка);
   КонецЦикла;

(7) планы обмена выбираете узел. И там есть в виде мониторчика кнопка.

(8) Это механизм платформы и какой-то конкретной конфигурации? А то я его у себя не наблюдаю.

(9) функция такая есть ПолучитьСтруктуруХраненияБазыДанных()

в центре запусти ее.

(10) извиняюсь, не туда запостил.

(11) так, а на мой вопрос ответишь? )

(12) это обработка в типовых: называется РегистрацияИзмененийДляОбмена

(14) Обработка помогла в понимании все

*всей проблемы в целом. Но еще пришлось удалять регистрацию в ЦБ. В общем тема закрыта. Спасибо всем кто помогал :)

возьми за основу вот это:
http://infostart.ru/public/85880/
чтобы получить список "косячных" объектов. а потом этот список выгрузи из другой базы.