Собственно, имеется два конфига: бухгалтерия и управление персоналом. Возможно ли встроенными средствами скрыть от пользователя существующие организации кроме тех, кот. ему нужно видеть?

А что говорит документация?

(0)да

(1)Ну по документации я нашел только ограничение на [Группы пользователей], однако атрибут "Для чтения там убрать не возможно", только для записи.

Кури в документации контроль доступа на уровне записей

а Сервис - Настройка пользователя - Снять галку "Учет по всем организациям" не подойдёт ?