Доброго времени!
Дано:
1. пользовательский файл сертификата для генерации ЭЦП
2. java applet, который герерирует ЭЦП на основе файла сертификата  пользователя и приклеивает эту ЭЦП к xml файлу с данными
3. xml файл с данными, к которому нужно приклеить ЭЦП

Вопрос: как это сделать средствами 1С 8?

Этот java applet - аналог менеджераКриптографии.
Можно ли обратиться из 1С к методам java applet?

Возможно-ли каким-то образом манипулировать java applet из 1С8?

я могу много наводящих вопросов придумать

Если это приложение, то оно запускается из командной строки.
Если оно умеет понимать параметры, переданные в командной строке, то вы задачу уже решили.
Если нет, то у него должен быть какой-то интерфейс.
Хотя, java-классы, обычно сами интерфейсы к чему-то более низкому.
Так что - заглядываем в описание, и всё.

(4) Спасибо за совет.

Если подойти к вопросу иначе:
файл с данными может быть любой (в смысле сделать его может кто-угодно), эцп генерируется на основании файла сертификата и файла идентификатора неким приложением, но ведь функция для генерирования описана в сертификате. значит в принципе не важно, какое приложение использовать для генерирования эцп?
т.е. может сработать и использование МенеджераКриптографии из инструментария 1С8?

(5) Правильно, только файл с ключем и сертификатом нужно конвертнуть из формата Java в формат Microsoft. где-то в каталоге Java\bin есть соответствующая конвертилка. По крайней мере у меня получилось секретный ключ для банк-клиента на Java-апплет использовать для SSL через WinHTTP