После обновления конфигурации при запуске базы стала появляться ошибка в коде. Поставил точку останова в строке:
мКачествоНовый = Справочники.Качество.Новый;
Оказалось, что у выражения "Справочники.Качество" тип СправочникиМенеджер.КатегорииРасчетов. С другими менеджерами справочников та же ерунда - все они ссылаются на другой менеджер. При этом у некоторых пользователей всё нормально.