Исходные данные:
Типовая конфигурация ЗУП 2.5.56.3
Вид основного начисления "Командировочные", закладка БУ этого начисления Дт 20.01 автоматический подбор подразделений, номенклатурная группа "Основная", статья затрат "командировочные расходы" и по Кт 71.01 работники подбираются автоматически
так же специально введен документ "Ввод сведений о регл учете плановых начислений сотрудников организаций", там для этого вида начисления указано все тоже самое как написано выше и выбран сотрудник и дата с какой применять такую настройку
Документы
1) Начисление зарплаты 07.2012
  Иванов "Командировочные" 5000 07.2012

2) Начисление зарплаты 07.2012
  Иванов "Командировочные" -2000 Сторно за 05.2012
  Иванов "Командировочные"  1000 Сторно за 05.2012
После проведения документа "Отражение зарплаты в регл учете", на закладке "основные начисления" происходит следующее:
  Иванов "Командировочные" 5000 Дт 20.01 Основная , "Командировочные расходы" Кт 71.01 Иванов
  Иванов "Командировочные" - 2000 Дт 20.01 Основная , "Командировочные расходы" Кт 70 Иванов сторно
  Иванов "Командировочные" 1000 Дт 20.01 Основная , "Командировочные расходы" Кт 71.01 Иванов
Вопрос:
Почему образуется такая проводка:
  Иванов "Командировочные" - 2000 Дт 20.01 Основная , "Командировочные расходы" Кт 70 Иванов сторно
вместо нужной
  Иванов "Командировочные" - 2000 Дт 20.01 Основная , "Командировочные расходы" Кт 71.01 Иванов сторно
хотя во всех настройках все правильно указал
???

Разобрался, тема закрыта, надо было перезаполнить и перепровести отражение в рег учете за сторнируемый период, а затем за текущий