В дереве сравнения реквизиты конфигурации и обновления называются одинаково, а отображаются как разные. Т.е. и там и там реквизит есть, а конфигуратор предлагает один удалить, а другой добавить. Если продолжить обновление данные сохранятся?

Нет

http://infostart.ru/public/18562/