Был отчет в котором форма отчета имела режим сохранения настроек.
На базе этого отчета я сделал новый отчет.

Скопировал и переименовал файл отчета.
Переименовал имя и синоним отчета.

Теперь когда меняешь настройки в первом отчете. А затем открываешь второй отчет настройки в нем меняются как в первом и наоборот.

Как с этим бороться ?

попробуй оба вставить в конфигуратор, а потом опять сохранить как внешние