Несколько магазинов, в каждом буду ставить 1С Розницу.

Для управленческого учета в центральном офисе будет 1С УТП или 1с УТ
Для бух.учета  - 1С УТП или 1С БП.

Нужно организовать стандартными средствами движение данных по цепочке: магазин (1С розница) -> офис (упр. учет) -> офис (бух.учет). Т.е. данные магазина загружаются в упр. систему (обмен в обе стороны), а из упр. системы - в систему бух. учета (в одну сторону).

Пришел к выводу, что оптимальнее будет передавать данные с магазина одновременно напрямую как в систему упр. учета (в обе стороны), так и в систему бух. учета (в одну сторону).

Вопрос: будет ли корректно работать выгрузка одних и тех же данных из 1С Розницы одновременно в две разные системы?

Работать то будет, но гемороя тоже будет в 2 раза больше :)