Безотносительно к конфигурации, как должен работать документ Инвентаризация:
1. Заполняем документ по остаткам, вводим фактическое количество, движения делаются только по данным ТЧ документа
2. В документе указываем только фактическое количество, при проведении документ рассчитывает остатки и делает движения на основании этих данных.

Нужно видеть разницу сразу после занесения факта. Ибо в подсчёте остатков тоже бывают ошибки и пересортицу толком не сделаешь если перед глазами нет двух цифр учетных остатков и факта.