Безотносительно к конфигурации, как должен работать документ Инвентаризация:
1. Заполняем документ по остаткам, вводим фактическое количество, движения делаются только по данным ТЧ документа
2. В документе указываем только фактическое количество, при проведении документ рассчитывает остатки и делает движения на основании этих данных.

Инвентаризация ничего не делает, на основании инвентаризации принимается решение и дальше уже делается списание, оприходование, пересортица, списание на естественную убыль, списание на виновных, заводится уголовное дело и т.д.

(1) Плюсую. Именно так. Методика должна быть такой.
1) Заполняем документ по остаткам, факт не указываем, распечатываем.
2) Комиссия проверяет, ручками в распечатку ставит факт.
3. Заносим в документ фактическое количество - можно автоматизировать заполнение по учету, а потом подправить недостающее и руками ввести излишки. Оаспечатываем, подписываем, отдаем руководству для принятия решения.
4. На основании документа после принятия решения вводим в систему документы списания и оприходования излишков.

(1)Ну на практике в торговле это шибко сложно.
Пересортица не влияет на сумму недостачи, естественной убыли нет, все сразу относиться на виновных.
//
Но главное то - остаток на складе после инвентаризации должен реальный, а решения и месяц могут приниматься

(0) если очень хочется объединить в одном документе инвентаризацию, списание и оприходование, то вариант 2

но при этом нужно обязательно блокировать период

(2)именно так и делал раньше, а теперь думаю - а в чем смысл давать пользователю доступ данным по учету - это же ничего не изменит. Да и к работе задним числом такая схема более устойчива

Нужно видеть разницу сразу после занесения факта. Ибо в подсчёте остатков тоже бывают ошибки и пересортицу толком не сделаешь если перед глазами нет двух цифр учетных остатков и факта.

Если кому интересно какая методика инвентаризации у нас.
1. Заполняем документ инвентаризация - обязательно по группам, когда надо указываем учетное количество - печатаем инвентаризационный бланк. В инвентаризационном бланке - оставляем внизу пустые строки
2. После проведения инвентаризации - есть процедура обновления учетных данных в документе  - она обновляет учетные данные, а новые позиции обязательно добавляет в конец списка. Тут главное что бы строчки остались в том же порядке как и в инвентаризационном бланке.
3. Забивать фактические данные - очень удобно и быстро

(6)А смысл - если можно результаты как отчет распечатать.
Сомневаюсь что оператор будет подгонять фактические данные

(8) Если оператор знает товар то он уже на этапе ввода факта может косяк обнаружить. И заставить пересчитать позиции. Такое не раз бывало.

(6)Когда надо сразу сверять учет и факт - мы печатаем остаток по учету в инв.бланке - если что-то не сходится - сразу ищется куда что могло завлится или переложить

(9)см (10).
Особенно весело что-то пересчитывать когда уже были продажи/поступления после проведения инвентаризации. Они там наперсчитывают