Не должно быть автоматической записи документа в базу.
Достаточно периодически (хоть раз в 10 секунд), сохранять объект во временное хранилище типа регистра сведений.
Если при старте 1С обнаружатся записи в этом регистре, показывать "незавершеные документы".