1) Как реализовать добавление элементов в список значений с помощью формы выбора с фильтрами, установленными мной? Как установить эти фильтры ?
2) если у элементов из списка выбора(например договоры) есть владелец (например контрагент), как сделать, чтобы при добавлении элементов в список для каждого добавляемого элемента не появлялось окно выбора контрагента?

1) Получить форму выбору. Установить отбор для списка. Открыть форму.
2) Убрать / обойти код открытия формы выбора владельца

Ну это только теория, так и я бы могла ответить  :( а практически как это сделать ?

(2) 1) Получить форму выбору. Установить отбор для списка. Открыть форму.
2) Убрать / обойти код открытия формы выбора владельца

ФормаВыбора= Справочники.Контрагенты.ПолучитьФормуВыбора();
ФормаВыбора.СправочникСписок.Отбор.Ссылка.ВидСравнения = ВидСравнения.Равно;
ФормаВыбора.СправочникСписок.Отбор.Ссылка.Значение                            = МоеЗначение        ФормаВыбора.СправочникСписок.Отбор.Ссылка.Использование  = Истина;
ФормаВыбора.Открыть();

(4) + включить множественный выбор, а потом массив выбранных пихать куда угодно, хоть в список значений

Форму выбора с фильтрами надо как-то вызывать из стандартной формы списка значений. В этом случае как не выйдет так просто, как предлагает (4)

(6)зачем форму выбора вызывать из формы списка? они практически идентичные

Я поняла, имеется в виду в (4) и (5), но нужно реализовать не через множественный выбор на форме выбора, а через элемент СписокЗначений