Хотя по логике такого размера быть не должно. База не такая уж и большая. Товарных позиций штук 150. Контрагентов 2-3 тысячи. ну и 40-50 пакетов(счет,накладная,сф)документов в день. базе 3 года. На 16м релизе были глюки с кэшем и все прочие глюки этого релиза. Теперь на 17м пытаюсь все исправить и на ТиИ все зависает на этом регистре. чдбфл говорит что все ок. выгрузка-загрузка работают. Я так понимаю что чистка этого регистра вещь вообще опасная. Может кто оказывался в такой ситуации и что сделал?

Чистка этого регистра чревата только тем, что при последующих загрузках данных объекты будут снова искаться и соответствие объектов будет заполнятся заново.
Когда у меня закрывались юр.лица, я частично очищал этот регистр. Если есть уверенность, что какой-то период загружаться больше не будет, то можно и почистить.

+(1) Опять же, если какие-то планы обмена больше не используются, то по ним можно почистить этот регистр.

(1) имхо дубли могут быть...

Дубли? Дубли чего? Не получиться создать запись с одинаковыми измерениями в РС.

(4) Не найдет по полям поиска какой нить элемент номенклатуры или контрагента и создаст новый. Думаю почистить можно но только записи по документам и как писал (1) по закрытым периодам.