Как происходит фильтрация «показывать только дважды измененные».
Например, есть типов. конф.  1(например было написано i=1), кто-то сделал в ней изменения и она стала нетиповой(i=1а), т.е. 1а, далее приходят изменения типов конф. 2 (i=2), при обновлении программа  видит, что не написано  i=2, и запоминает эту изменённую строчку, но как утилита обновления видит, что было написано i=1, поменялось на i=1a, и стало дважды изменённым, где она хранит первоначальную исторю..

спасибо за информацию.

идет сравнение конфигурации поставщика и текущей конфигурации)

Да я понимаю, идёт сравнение конфигурации поставщика 2 и текущей(основной) конфигурации 1а, и где она видит что эта переменная поменялась дважды(i=1, затем i=1a)

Называется - это трехстороннее сравнение.

и где лежит эта первоначальная типовая конф., т.е. она должна сравнить 2 с 1(что должно быть написано в предыдущей(1), и что написано в данный момент(1а)), или алгоритм сравнения идёт как-то по другому?

(5) в отчетах о сравнении

(5) "и где лежит эта первоначальная типовая конф" - в базе. Принято считать что в базе (в вашем случае) - три конфигурации - конфигурация поставщика (недоступная типовыми средствами), основная (та, с которой вы работаете) и конфигурация БД (та, которая работает в режиме "1С:Предприятие").

Конфигурация поставщика обновляется с помощью cfu (запоминаются изменения) и сравнивается с основной (выявляются изменения) = "дважды измененные".

спасибо