Речь вообще говоря идёт о Камине, есть и ЗуП, но руки не доходят в нём проверить. Но вопрос вообще не к программе собственно, а о правильности расчетов/применении вычетов.

Есть сотрудник Иванов И.И., работает на предприятии с начала года по май месяц. Получает в среднем по 4600, два последних месяца - в отпуске без содержания. Итого с начала года - 13800.
У него есть три ребенка, вычеты на них 1400+1400+3000, и за 5 месяцев соответственно - 29 000.

Потом сотрудник увольняется и в декабре приходит работать по договору подряда на это же предприятие - получает 5000.

Программа считает вполне прозрачно и в соответствии с карточкой по НДФЛ - т.е. к декабрю она видит у _физлица_ накопленный вычет на 29 000 и накопленный совокупный доход в 18 800. В итоге налога нет, он 0.
Бухгалтерия кричит и пенится, что договор подряда должен был посчитаться отдельно и "у вас программа считает неправильно" (с) какобычно.

Ну и собственно, правильно или нет такое применение вычета? Если судить по налоговой карточке - то всё логично, ибо накопленный вычет уже есть и заминусовать его никак не можно.