Бух хочет выбирать документы которыми нужно обмениваться, в ут 11 выгружается все я так понимаю по умолчанию или есть возможность настройки и отбора документов которые хочешь выгрузить или загрузить в бп?

по умолчанию все соответствующие правилам регистрации объектов
возможность отбора документов которые выгрузить есть

(1) где эта возможность? не вижу в ут 11...только узлы...

(2) обработкой
или самодельной или скачать

(2) РегистрацияИзмененийДляОбмена82 (управляемое приложение).epf