Будут ли сравниваться cf файлы 8.1 и 8.2? если да, то какие могут быть подводные камни?

Не будут

(0) Отконвертируй файл от 8.1 до 8.2 и сравнивай на здоровье. А о подводных камнях нам здесь и расскажешь, хотя, таковых особо не должно быть.

(2) такой вариант я тоже думал, просто интересно, можно без конвертации было бы сделать, ну с другой стороны это не логично, версии то разные)

(3) Без конвертации (1)