Разбираю чужой код и столкнулся со следующим
В простейшиё запрос передается параметр – список значений из 1367 позиций номенклатуры
А в выборке уже 9606, все строки заполнены (некоторые товары дублируются, хотя в передаваемом параметре дублей нет)
Вот код запроса. В консоли он тоже дает предсказуемые результаты (заводил примерно сотню значений – на выходе та же сотня)
ВЫБРАТЬ
   Товар.Ссылка КАК Номенклатура,
   Товар.ШтрихКод
ИЗ
   Справочник.Номенклатура КАК Товар
ГДЕ
   Товар.Ссылка В (&МассивАкции)
   И
    Товар.ПометкаУдаления = ЛОЖЬ
   И Товар.ШтрихКод <> "             "

УПОРЯДОЧИТЬ ПО
   Товар.КатегорияТовара.Позиция УБЫВ,
   Товар.Бренд.Позиция УБЫВ,
   Товар.Артикул

В чём причина может быть?

Это точно полный текст запроса?

[Товар.ШтрихКод <> "             "] это пять!

(1) Да

(0) В параметре группы не попадаются?

(2) Полусамописная конфа с реквизитом "штрихкод" фиксированной длины у номенклатуры.

как массив собирается?

(5) сравнивая на пустую строку

(4) Нет (проверял).
(6) Там не массив. Список значений. Собирается в премудром цикле  после кучи проверок (в том числе и на неповторяемость добавляемого значения)

(8) а не проще его в ВТ собрать?

(9) Вариант. Если не найду причину в запросе - буду переписывать к такой-то матери. И даже, сокрее всего - не только один этот кусок.
Но хочется найти быстрое решение.

(0) Как определил количество строк в выборке?

(11) В отладчике. Выборка.Количество() после кода "РезультатЗапроса = Запрос.Выполнить(); Выборка = РезультатЗапроса.Выбрать();"

(12) консолями принципиально не пользуешься?

(12) Попробуй убрать упорядочивание.

(12) Пользуюсь. В консоли результат как раз предсказуемый см.(0)

(15) ты там только сотню заводил

(16) Больше я "вручную" не осилю. Если ведом какой-то способ сохранить список значений, формируемый нетривиальными проверками и его в консоль передать - был бы признателен.

(17) Написать обработку, которая открывает консоль.
Ты порядок из запроса убери. Для эксперимента.

(18) Убрал. Запустил (но там не быстро всё). Результаты отпишу

(18) бугага!
(17) http://devtool1c.ucoz.ru/load/ тут смотри там все это есть

(18) ни фига не помогло. Ж8-0

запрос в цикле?

(22) нет

сравни результат (без условий)

ВЫБРАТЬ РАЗЛИЧНЫЕ
   Товар.Ссылка КАК Номенклатура,
   Товар.ШтрихКод
ИЗ
   Справочник.Номенклатура КАК Товар
ГДЕ
   Товар.Ссылка В (&МассивАкции)

И

ВЫБРАТЬ
   Товар.Ссылка КАК Номенклатура,
   Товар.ШтрихКод
ИЗ
   Справочник.Номенклатура КАК Товар
ГДЕ
   Товар.Ссылка В (&МассивАкции)

////////////////////////////////////
замени
И Товар.ПометкаУдаления = ЛОЖЬ
на
И НЕ Товар.ПометкаУдаления

Товар.КатегорияТовара - это табличная часть справочника?
тогда все правильно. Такой результат и должен быть. Ты же получаешь все строки всех табличных частей этого элемента справочника.

как по-твоему результат может упорядочиться по реквизиту строки табличной части без получения табличной части?

(25) Увы, нет. Не табличная часть.

(27)
Напиши РАЗЛИЧНЫЕ и не парься :)

а что? какой тип у реквизитов Категория товара и Бренд?

Эх, улыбку навевает!

(28) Не повешь... не помогает.

(31) Запрос.Текст чему равно?