Есть организация, на УСН, у нее обособленное подразделение на ЕНВД.
Можно ли организовать в ПРОФ учет для такого случая? Как? Или для этого нужна КОРП?

про какую конфигурацию речь ? УТ , БП...

79й счет ведется?

(1) БП

(2) Пока ничего не ведется - еще только обдумывается как лучше сделать. Если нужно вести 79-й счет - будут вести...

Бухгалтер уже есть? Весьма сильно различается понятие раздельного учета ЕНВД, обособленного подразделения и раздельного баланса.

КОРП нужен. В профе придется заводить две организации и бухам консолидированную отчетность придётся руками собирать.