Подскажите, наверно я что то не так делаю.

Вот допустим есть не типовая конфигурация. Обновляю.
В окне сравнения-объединения снимаю и ставлю галочку общую, ну что бы ВСЁ бралось из новой конфигурации. Объединяю. И уже потом вношу пару изменений в пару документов. Всё, сохраняем. При сохранение выбираю что все объекты на поддержки и все редактируются(жёлтый кубик)))

Потом сравниваю конфигурацию поставщика с текущей конфигурацией и в окне сравнения попадает ещё всякая муть! Какие то регламентированные отчёты, какие то обработки. Делаю отчёт по каждому этому объекту, пишет просто изменён, или различаются привязки, или ещё что то, но толком ничего. Почему? Это у меня такой глюк или это 1С глючит?

Сравнение-объединение и обновление это две большие разницы.

(1) Хм... не понял тебя. Точнее к чему клонишь.

Я сначала обновляю через Обновление, при не типовой конфигурации появляется окно Сравнения.

Потом я через просто Сравнение смотрю различия и вижу, что разные не только Документы но ещё и обработки, отчёты и т.д. что собственно было не задето.

(2) Бывает глюк 1Ски, ПечатьТТН неверно определяет в бухне, в ЗУПЕ несколько отчетов неправильно. Скорей всего кэш почистить нужно.

Сравнение показывает что есть отличия там, где их нет? Это баг/фича платформы - как хотите, так и называйте, но такая проблема так часто встречается, что уже не обращаю внимание