Как-то так. В документе пересчета 2500 позиций. Всего 135 версий этого документа. 3 часа - это нормально? Есть варианты ускорить? ТиИ может помочь?

+1 3 часа открывает. пока не понятно откроет ли вообще.

типовое версионирование ? одну версию открываете или две сравниваете ?

(2) типовое. одну. затык на прочитатьxml.
   УстановитьПривилегированныйРежим(Истина);
   
   ДвоичныеДанные = ПолучитьИзВременногоХранилища(АдресВоВременномХранилище);
   
   ЧтениеFastInfoSet = Новый ЧтениеFastInfoSet;
   ЧтениеFastInfoSet.УстановитьДвоичныеДанные(ДвоичныеДанные);
   
   Попытка
       Объект = ПрочитатьXML(ЧтениеFastInfoSet);
   Исключение
       ТекстСообщенияОбОшибке = ПодробноеПредставлениеОшибки(ИнформацияОбОшибке());
       Возврат Неопределено;
   КонецПопытки;
   
   Возврат Объект;

Оно зависло.

Почисти кэш

(4) зависло в смысле ждать или зависло  в смысле убить процесс?
в файловом варианта вообще платформа падает.

(5) ок

попробуй сохранить в файл и посмотреть размер